Benjamin Ortner è nato a Innsbruck (Austria) il 16 marzo 1983.
Ha iniziato giocando nell’unica società austriaca della zona in cui abitava insieme al fratello. Ha esordito nella seconda Division NCAA con il Metropolitan State College di Denver, migliorando ogni anno le sue performance ed arrivando all’ultima stagione che chiude con 15.9 punti, 7.1 rimbalzi e 1.4 assist per gara. Nel 2002 ha vinto il titolo della Division 2 NCAA. Nel 2005-2006 sbarca in Italia, a Reggio Emilia, dove disputa due campionati di serie A ed uno di Legadue. Nelle due stagioni in massima serie fa registrare 7.8 punti e 4.2 rimbalzi di media, mentre termina l’anno 2006-2007 con 12.9 punti e 6.8 rimbalzi a partita, con il 58,9 % da due. Nel 2005-2006 partecipa con la Bipop Carire anche all’Uleb Cup, chiudendo l’esperienza in Coppa con 5.3 punti, 3.7 rimbalzi e 1.1 stoppata di media. Nella stagione 2007-2008 in Legadue chiude con 30 partite, 13.4 punti e 6.8 rimbalzi di media. Nel 2008-2009 il ritorno in Serie A, con la maglia della Snaidero Udine, a cui ha garantito 9.7 punti e 5.1 rimbalzi di media. Nel 2009 passa a Cantùcon cui realizza 10.3 punti, 5.0 rimbalzi e 2.0 recuperi a gara, aiutando così la squadra ad approdare in Semifinale Scudetto. La stagione 2010-2011 è altrettanto positiva, con 9.2 punti di media, ed arriva con la sua Bennet a raggiungere sia la finale di Coppa Italia che la finale scudetto. Nella passata stagione, 2011-12, dopo aver iniziato con Cantù, passa alla Benetton Treviso, con cui chiude il campionato segnando 9.1 punti in 22.6 minuti. A fine campionato lascia l’Italia e firma per i tedeschi del LTi Giessen, con cui in 4 partite aveva totalizzato 11 punti e 5.8 rimbalzi di media prima di approdare alla Montepaschi il 18 ottobre 2012.